В ходе открытого судебного заседания были рассмотрены материалы следствия, предъявлены обвинения военнослужащим японской армии, причастным к созданию и применению бактериологического оружия, и вынесено решение по признанию их виновными в совершении преступлении.

Обвинение было предъявлено 12-ти военнослужащим: Ямаде Отозоо, Кадзицуке Рюдзи, Такахаси Такаацу, Кавасиме Киоси, Ниси Тосихидэ, Карасаве Томио, Оноуэ Масао, Сато Сюндзи, Хиразакуре Дзенсаку, Мимото Кадзуо, Кикучи Норимицу, Курусиме Юдзи.

Хабаровский процесс стал выражением принципиальной позиции Советского Союза по отношению к бактериологической угрозе и осуждением преступлений против человечности. Составленный по итогам судебного процесса список военных преступников, ушедших от ответственности и находящихся вне СССР, был направлен правительству США. В нем был начальник отряда № 731, идеолог и разработчик бактериологического оружия Исии Сиро, получивший убежище и гарантии американского правительства. Требования СССР о привлечении военных преступников к суду осталось без ответа.