Начало Великой Отечественной войны 1941-1945 гг. внесло существенные изменения в работу Калужского филиала государственного архива Тульской области. 11 июля 1941 г. из архивного отдела управления НКВД по Тульской области поступил секретный приказ: «Ввиду того, что наша Родина объявлена на военном положении и в целях сохранения ценных архивных материалов и исключения возможности использования их противником, предлагаю вам немедленно разработать план вывоза ценного архивного материала в глубинные пункты СССР». Вывозу подлежали как целые фонды и их структурные части, так и отдельные дела, попадавшие под определение материалов, имеющих «оперативное, экономическое, политическое и историческое значение».

План эвакуации включал два варианта. Первый предполагал эвакуацию наиболее важных ценных документов, вывозимых в первую очередь. Второй-остальных материалов. На разработку плана отводилось 48 часов с момента получения приказа. Приказом требовалось сообщить, «организовано ли <…> круглосуточное дежурство в архиве и как обстоит дело с охраной, светомаскировкой, обеспеченностью песком, глиной и т.д.».

Разработанный директором архива Нечаевой план предусматривал к вывозу следующие группы документов: а) секретный материал: вес 40 т (для транспортировки требовалось 7 человек); б) ценный архивный материал – 25 т (4 человека); в) библиотечный материал – 105 т (18 человек). По расчетам, для вывоза архивных документов требовалось 5 машин грузоподъемностью 3 т каждая, 4 – по 1,5 т, 10 – по 5 т, подвижный состав из восьми крытых вагонов и денежные средства в сумме 3000 р. Изначально эвакуировать архивные документы предполагалось в город Ташкент.

18 июля 1941 г. мобилизационный план по вывозу материалов секретных фондов Калужского архива был утверждён архивным отделом управления НКВД по Тульской области. В утверждённом приказе из списка фондов, подлежащих эвакуации, рекомендовалось исключить волостные и уездные исполкомы. К приказу прилагается перечень 97 фунтов, из которых, как в нём сообщалось, «необходимо было выделить лишь материалы справочного характера, личные дела, списки по личному составу, которые действительно представляют или могут представлять для нас ту или иную ценность.

Подготовка документов к эвакуации проходила в спешном порядке. Многие работники архива уже успели эвакуироваться, поэтому работа по отбору, увязке и транспортировке дел легла на плечи оставшихся 19 человек, значившихся на 1 августа 1941 г. Погрузка документов Калужского архива проходила уже в обстановке начавшейся 4 октября 1941 года бомбардировки Калуги с воздуха. В общей сложности было эвакуировано 126 фондов (45375 д.), в том числе: секретных – 88 (10684 д.), ОДФ – 4 (704 д.), ОФОРС – 34 (33987 д.).