В период немецко-фашистской оккупации Калуги (с 12 октября по 30 декабря 1941 г.) здание архива (ул. Кооперативный пос., 1) было закрыто. Несмотря на то, что боевые действия по освобождению города велись на соседних с архивом улицах, документы в помещении не пострадали. После изгнания немецких оккупантов директор архива и два сотрудника начали очистку от грязи, хлама и мусора архивохранилища; был разобран не эвакуированный материал, установлена сторожевая охрана, введено круглосуточное дежурство сотрудников архива, опечатывание и пломбирование шкафов в архивохранилище.

После освобождения Калуги от немецко-фашистских захватчиков главным направлением деятельности калужских архивистов стало собирание материалов учреждений, организации и предприятий, созданных на территории Калуги и Калужского района немецко-фашистскими захватчиками. В ходе поисковой работы было собрано 8662 документа, из которых сформировано 308 дел, составлено 399 актов о зверствах и разрушениях, произведённых немецко-фашистскими оккупантами, записано 25 воспоминаний очевидцев и лиц, пострадавших в период оккупации (авторами воспоминаний являлись секретари Калужского ГК ВКП(б) председатель Калужского горисполкома, рабочие и служащие учреждений и предприятий). В 1943 году было обнаружено ещё 10 467 дел и 29 дел принято от Калужского исторического музея точка. Для обеспечения сохранности документов архивов действующих учреждений и разработки практических указаний по делопроизводству архивисты после оккупации обследовали 25 учреждений. В процессе этой работы были выявлены ценные материалы по истории города периода оккупации и организовано хранение документов в начинавших работать советских учреждениях.

В 1943 году целью обеспечения полной сохранности документальных материалов все силы калужских архивистов были направлены на просушку, увязку в связки и установку на стеллажи архивных документов, борьбу с грызунами, обеспечение помещения архива и архива хранилища противопожарным инвентарем (кадки с водой, ящики с песком, совки, лопаты, ломы), разбор, перемещение и установку в шкафах библиотеки. Кроме того, было приведено в порядок и полностью обработано 22 фонда (13 814 д.), отремонтировано 3 801 дело, заинвентаризировано – 7 046, составлено 11 115 заголовков, переписано – 3 440.

Помимо выполнения непосредственной профессиональной работы архивисты активно помогали фронту и бойцам Красной Армии. Формы такой помощи были разнообразны: закупка литературы в госпитали, сборы бумаги для написания писем ранеными, сборы денежных средств на подарки в госпиталь и на военную технику, сборы индивидуальных посылок бойцам РККА.