В Калуге
Федор Семёнович находился до 1849 года, пока не получил назначения в Кострому
губернским прокурором. С 1850 года он был переведен в Ярославль, в котором
прожил до 1856 года, где сначала исполнял должность губернского прокурора, а
затем - директора Ярославского тюремного комитета. В последующее время Ф.С. Унковский
исполнял обязанность вице-губернатора Аудиторского департамента в военном
министерстве. В 1859 году он был командирован за генерал-аудитора в учрежденный
в Москве Генеральный Военный суд.
В 1851 году
Федор Семёнович за выслугу лет был произведен в надворные советники, в 1854
году - в коллежские советники, в 1857 году – в статские советники, а за
отличное усердие и ревностную службу в 1858 году награжден орденом Св. Анны 2-й
степени и знаком отличия беспорочной службы пятнадцатилетнего достоинства. В
1859 году Федор Семёнович получил чин действительного статского советника.
В 1862 году
Ф.С. Унковский был награжден орденом Св. Владимира 3-й степени и по болезни
уволен со службы с мундиром.